Biologinio mikroskopo padidinimas paprastai yra mažas – nuo 40 iki 1000 kartų. Taip yra todėl, kad biologiniai mėginiai paprastai yra skaidrūs ir juos reikia vidutiniškai padidinti, kad būtų galima stebėti ląstelių ir audinių struktūras.
Biologiniame mikroskope padidinimas nustatomas pagal objektyvo lęšio ir okuliaro derinį. Įprasti objektyvo padidinimai yra 4x, 10x, 40x ir 100x, o okuliaras paprastai padidinamas 10x. Todėl didžiausias tipinio biologinio mikroskopo padidinimas yra 100x objektyvas, padaugintas iš 10x okuliaro, o tai yra 1000x.
Svarbu pažymėti, kad biologinio mikroskopo padidinimas nėra toks didelis kaip elektroninio mikroskopo, nes biologiniai mėginiai dažnai yra sudėtingos struktūros, o stebėjimo procesas reikalauja išlaikyti mėginių gyvybingumą ir vientisumą. Be to, biologinio mikroskopo skiriamoji geba taip pat yra labai svarbi, nes biologinės struktūros dažnai yra labai mažos ir reikalauja didelės skiriamosios gebos, kad būtų galima stebėti smulkias detales.
Tam tikrose specializuotose programose, kurioms reikalingas didesnis padidinimas, pvz., patologiniai tyrimai arba mikrochirurgija, didesnio padidinimo okuliaras (pvz., 16 kartų ar didesnis) gali būti naudojamas kartu su atitinkamais okuliarais, kad būtų pasiektas didesnis padidinimas. Tačiau šie didelio padidinimo stebėjimai paprastai reikalauja sudėtingesnių mėginių paruošimo ir mikroskopijos metodų ir reikalauja didesnių operatoriaus įgūdžių.