Mikroskopas yra vienas didžiausių žmonijos išradimų. Prieš išradimą žmonių idėjos apie juos supantį pasaulį apsiribojo naudojimu plika akimi arba lęšių laikymu, kad padėtų matyti plika akimi.
Mikroskopai žmogaus regėjime atvėrė visiškai naują pasaulį, pirmą kartą matydami šimtų „naujų“ mažyčių gyvūnų ir augalų vidinį veikimą – nuo žmogaus kūnų iki augalų skaidulų. Mikroskopija taip pat padeda mokslininkams atrasti naujas rūšis ir padeda gydytojams gydyti ligas.
Pirmieji mikroskopai buvo pagaminti Nyderlanduose XVI amžiaus pabaigoje. Išradėjai buvo olandų optikas Yasas Jensenas arba kitas olandų mokslininkas Hansas Lipšas, kuris padarė paprastus mikroskopus su dviem lęšiais, bet neatliko jokių svarbių stebėjimų šiais instrumentais.
Du žmonės vėliau pradėjo naudoti mikroskopus moksle. Pirmasis buvo italų mokslininkas Galilėjus Galilėjus. Jis pirmą kartą aprašė vabzdį per mikroskopą po jo sudėtinėmis akimis. Antrasis buvo olandų lino pirklys Leeuwenhoekas (1632-1723), kuris pats išmoko pagaląsti lęšius. Pirmą kartą jis aprašė daug mažyčių augalų ir gyvūnų, nematomų plika akimi.
1931 m. Ernstas Ruska sukėlė revoliuciją biologijoje, sukurdamas elektroninį mikroskopą. Tai leidžia mokslininkams stebėti net milijonines milimetro dalis. 1986 metais jam buvo įteikta Nobelio premija.